В течение 50 лет ученый работал со студентами, популяризовал и изучал лингвистику и берестяные грамоты. Зализняк выступал с лекциями во многих странах мира.
Академик внес большой вклад в развитие лингвистики. В 1960-е годы он работал над синхронным описанием русской морфологии. В приложении к «Русско-французскому словарю» он объяснил для иностранцев, как правильно склонять и спрягать слова в русском языке. Позже он написал «Грамматический словарь русского языка», который потом лег в основу почти всех компьютерных программ автоматического морфологического анализа. Об этом пишет телеканал «360».
Всю свою жизнь Зализняк изучал древние берестяные грамоты и древненовгородский диалект. В 1982 году он начал изучать новые берестяные грамоты, которые были найдены в ходе раскопок. В многотомном труде «Новгородские грамоты на бересте» ученый рассказал, чем отличался древненовгородский диалект от наддиалектного древнерусского языка. Академик помог найти ранее неизвестные данные о первых годах христианства на Руси.
Одним из самых важных исследований Зализняка была работа над «Словом о полку Игореве». После того, как произведение было обнаружено, многие скептики заявили, что это фальсификация, написанная в 18 веке. Зализняк проанализировал текст и доказал, что он является подлинным. Чтобы написать такую «фальшифку», автор должен был обладать глубокими знаниями о древней Руси, которые стали известны только в 19-20 веках, но не в 18 веке. Таким образом, исследование Зализняка навсегда закрыло вопрос о подлинности главного произведения древнерусской литературы.
По словам доктора филологических наук Григория Крейдлина, Андрей Зализняк был одним из лучших лингвистов в мире. Он был щедрым на идеи человеком и знатоком многих языков, который умел сплотить своих учеников.
Сотрудник Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН Владимир Плунгян уверен, что Зализняк был фигурой необычайного масштаба, стоящей в одном ряду с Гете и Пушкиным.